Замечательный ресурс «Пакет дня Debian» рассказывает нам, как проверить систему на наличие (лучше, конечно, на отсутствие) популярных rootkit’ов.
Все просто, как:
sudo apt-get install rkhunter
sudo rkhunter --update
sudo rkhunter
Хоть и автор советует использовать rkhunter в купе с chkrootkit, мне кажется, что первого вполне достаточно.